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UNIDAD I: SUPERANDO LA SINTESIS
Clase 1. 14 agosto: Introducción al curso. La generación de preguntas de interés general, el planteamiento de hipótesis y cómo someterlas a prueba con objetivos y metas claros. Individuos vs. clases y la problemática de los niveles a los cuales actúa la selección natural. 1.
Jablonka, E., y M. J. Lamb.
2005. Evolution in four dimensions: genetic, epigenetic, behavioral,
and symbolic variation in the history of life. MIT Press,
Cambridge. pp. 9-40.
Opcional: Mayr, E.
1982. The
Growth of Biological Thought. Harvard University Press, Cambridge. Pp.
21-78.
Clase 2-3. 16 y 21 agosto: Conceptos de los taxones mayores; taxonomía vs. sistemática; taxonomía evolutiva, fenética, cladismo; ¿qué representan los árboles filogenéticos? 2. Simpson, G. G. 1953. The major
features of evolution. Columbia University Press, NY. Pp. 199-212;
338-359.
3. Mayr, E. 1982. The Growth of Biological Thought. Harvard University Press, Cambridge. Pp. 614-616; 233-235. 4. Miller, A. H. 1949. Some ecologic and morphologic considerations in the evolution of higher taxonomic categories. Pp. 84-88 in E. Mayr and E. Schuz (eds.) Ornithologie als Biologische Wissenschaft. Carl Winter. Unverstitätsverlag, Heidelberg. 5. Sneath, P. H. A., and R. R. Sokal. 1973. Numerical taxonomy. W. H. Freeman and Co., San Francisco. Pp. 5, 9-10, 27-30, 37-40, 55-60. 6. De Queiroz, K. 1988. Systematics and the Darwinian revolution. Philosophy of Science 55: 238-259. 7. Eldredge, N., and J. Cracraft. 1980. Phylogenetic patterns and the evolutionary process. Columbia University Press, New York. Pp. 147-161. Clase 4. 23 agosto: El estátus ontológico de las especies: clases, individuos, tipos naturales, etc. 8. Mayr, E. 1987. The ontological
status of species: scientific progress and philosophical terminology.
Biology and Philosophy 2: 145-166.
9. Pigliucci, M. 2003. Species as family resemblance concepts: the (dis)solution of the species problem? Bioessays 25(6): 596-602. Opcional: Hull, D.L. 1965. The effect of essentialism on taxonomy—two thousand years of stasis (I). Brit. J. Phil. Sci. 15: 314--326. Ghiselin, M. T. 1974. A Radical Solution to the Species Problem. Systematic Zoology 23: 536-544. Clase 5-6. 28 y 30 agosto: Conceptos de especie. ¿Cuáles son algunas de las ideas de el estátus de especies como individuos? Esta sección no se trata de una revisión comprehensiva de los conceptos de especie sino que sirve para contrastar ideas sobre la “individualidad” de las especies. El debate sobre la naturaleza ontológica de las especies sigue, pero como veremos más adelante, si es posible considerarlas como individuos, las implicaciones para el estudio de macroevolución son muy extensas. Concepto biológico:
8 (otra vez). Mayr, E. 1987. The ontological status of species: scientific progress and philosophical terminology. Biology and Philosophy 2: 145-166. Concepto de reconocimiento: 10. Paterson, H. E. H. 1985. The recognition concept of species. Transvaal Museum Monograph 4: 21-29. Concepto evolutivo 11. Wiley, E. O. 1981. Phylogenetics. Wiley & Sons, NY. Pp. 24-34. Concepto filogenético 12. Cracraft, J. 1989. Speciation and its ontology: The empirical consequences of alternative species concepts for understanding patterns and processes of differentiation. Pp. 28-59 in D. Otte and J. A. Endler (eds.) Speciation and its Consequences. Sinauer Assoc, Sunderland, MA. Concepto de cohesión 13. Templeton, A. R. 1989. The meaning of species and speciation – a genetic perspective. pp. 3-27 in D. Otte, and J. A. Endler (eds.) Speciation and its Consequences. Sinauer Assoc, Sunderland, MA. También se puede bajar una traducción en español de la Facultad de Ciencias, Montevideo. Opcional: Coyne, J. A. y H. A Orr. 2002. Speciation. Sinauer, Sunderland, MA. Pp. 447-472. Clase 7. 4 septiembre: El Darwinismo de la Síntesis Moderna. Las modificaciones a la teoría evolutiva que veremos en el resto del curso son en gran parte una reacción a las carencias del cuadro presentado en la Síntesis Moderna. 14. Mayr, E. 1985. Darwin’s Five
theories of evolution. Pp. 755-772 in
D. Kohn (ed.) The Darwinian Heritage. Princeton Univ. Press, Princeton
NJ.
15. Simpson, G. G. 1944. Tempo and Mode in Evolution. Columbia University Press, NY. pp 197-217. Clase 8. 6 septiembre: Trabajo sobre el primer borrador del escrito semestral (resúmenes de los proyectos de tesis) y preparación para el examen. Clase 9. 11 septiembre: Primer examen parcial UNIDAD
II. LA EXPANSION JERARQUICA DE LA TEORIA MACROEVOLUTIVA Y EL RECHAZO
DEL REDUCCIONISMO
Clase 10. 13 septiembre: ¿Cuál es el nivel en donde opera la selección natural? ¿Qué es un “individuo” en términos evolutivos? Interactores, replicadores, vehículos, etc. 16. Dawkins, R. 1976. The Selfish
Gene. Oxford University Press, New
York. Pp. 13-48.
17. Gould, S. J., y E. A. Lloyd. 1999. Individuality and adaptation across levels of selection: how shall we name and generalize the unit of Darwinism? PNAS 96 (21): 11904-11909. Opcional: Hull, D. L. 1980. Individuality and selection. Ann. Rev. Ecol. Syst. 11: 311-332. Wilson, D. S., and E. Sober. 1989. Reviving the superorganism. Journal of Theoretical Biology 136: 337-356. Clases 11-12. 18 y 20 septiembre: Macroevolución y propiedades emergentes por encima del nivel de la especie. 18. Jablonski, D. 2007. Scale
and
hierarchy in macroevolution.
Palaeontology. 50: 87-109.
19. Grantham, T. 2007. Is macroevolution more than successive rounds of microevolution? Palaeontology 50: 75-85. 20. Gregory T. R. 2004. Macroevolution, hierarchy theory, and the C-value enigma. Paleobiology 30(2): 179-202. 21. Vinogradov, A. E. 2004. Genome size and extinction risk in vertebrates. Proceedings of the Royal Society of London Series B—Biological Sciences 271 (1549): 1701-1705. 22. McPeek, M. A. 2000. Predisposed to adapt? Clade-level differences in characters affecting swimming performance in damselflies. Evolution 54: 2072–2080. referencia: Gould, S. J. 2002. The structure of evolutionary theory. Belknap, Cambridge. Pp. 717-719. Clase 13. 25 septiembre: Reduccionismo gen-céntrico vs. interaccionismo y emergencia: Gould y Dawkins ya no parecen tan distintos... 22. Jablonka, E., and M. J. Lamb.
2005. Evolution in four dimensions:
genetic, epigenetic, behavioral, and symbolic variation in the history
of life. MIT Press, Cambridge. pp. 52-71, 87-102.
23. Jablonka, E. 2001. The systems of inheritance. Pp. 99-116 in Oyama, S., P. E. Griffiths y R. D. Gray. Cycles of contingency: Developmental systems and evolution. MIT Press, Cambridge, MA. Opcional: Day R.L., Laland, K.N. & Odling-Smee, F.J. 2003. Rethinking Adaptation: The Niche-Construction Perspective. Perspectives in Biology and Medicine. 46(1): 80-95. Portin, P. 1993. The concept of the gene: Short history and present status. The Quarterly Review of Biology, Vol. 68, No. 2. pp. 173-223. Veeramachaneni, V., W. Makalowski, M. Galdzicki, R. Sood e I. Makalowska. 2004. Mammalian Overlapping Genes: The Comparative Perspective. Genome Research 14: 280-286. Clase 14. 27 septiembre: Estructura jerárquica de la historia biológica. 24.
Gould, S. J. 1985. The
paradox of the first tier: an agenda for
paleobiology. Paleobiology 11: 2-12.
25. Vrba, E. S., and S. J. Gould. 1986. The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated. Paleobiology 12: 217-228. UNIDAD III. PATRONES Y PROCESOS EN EL
SEGUNDO Y TERCER NIVEL DEL TIEMPO EVOLUTIVO
Clase 15. 2 octubre: Equilibrios puntuados: patrón vs. proceso; adaptacionismo vs. “sorteo” y selección de especies 26. Gould, S. J. 1982. The
meaning of punctuated equilibrium and its
role in validating a hierarchical approach to macroevolution. Pp.
83-104 in R. Milkman (ed.) Perspectives on Evolution. Sinauer Assoc,
Sunderland, MA.
27. Gould, S. J. y N. Eldredge. 1993. Punctuated equilibrium comes of age. Nature 366: 223-227. Clase 16. 4 octubre: Extinciones masivas, selección y “sorteo” 28. Raup, D. M. 1995. The role of
extinction in evolution. Pp. 109-124
in W. M. Fitch and F. J. Ayala (eds.) Tempo and mode in evolution:
genetics and paleontology 50 years after Simpson. National Academy
Press, Washington, DC.
29. Raup, D. M. 1991. A kill curve for Phanerozoic marine species. Paleobiology 17: 37-48. 30. Roopnarine, P.D. 2006 Extinction cascades and catastrophe in ancient food webs. Paleobiology 32: 1-19. Clase 17. 9 octubre: ¿Existe direccionalidad en los patrones de origen de los linajes? ¿Son artificios los patrones que se han detectado, o son la manifestación de procesos biológicos? 31. Gould, S. J., Gilinsky, N.
L., and German, R. Z., 1987, Asymmetry
of lineages and the directions of evolutionary time: Science, v. 236,
p. 1437-1441.
32. Uhen, M. D. 1996. An evaluation of clade-shape statistics using simulations and extinct families of mammals. Paleobiology 22 (1): 8-22. 33. Eble, G. J. 1999. Originations: Land and sea compared. Géobios 32 (2): 223-234. Clase 18. 9 octubre: “Tendencias” o patrones macroevolutivos. 34.
Grant, V. 1989. The Theory of
Speciational Trends. The American
Naturalist 133: 604-612.
35. Adamowicz S. J. and A. Purvis. 2006. From more to fewer? Testing an allegedly pervasive trend in the evolution of morphological structure. Evolution 60: 1402-1416. 36. McShea, D. W. 2001. The hierarchical structure of organisms: a scale and documentation of a trend in the maximum. Paleobiology 27: 405 - 423. Clase 19. 15 octubre: Trabajo sobre el segundo borrador del escrito semestral y preparación para el examen. Clase 20. 16 octubre: Segundo examen parcial descarga aquí el examen UNIDAD IV. CAUSAS Y PRODUCTOS DEL CAMBIO
EVOLUTIVO
Clases 21-22. 22 y 23 octubre: Diversidad ¿Cómo medir la diversidad? ¿De dónde viene? Escenarios simplistas vs. complejidad histórica (ó Innovaciones clave, radiaciones adaptativas y la explicación de absolutamente nada). 37. Benton, M. J., y B. C.
Emerson. 2007. How did life become so
diverse? The dynamics of diversification according to the fossil record
and molecular phylogenetics. Palaeontology 50 Part 1: 23–40.
38. Erwin, D. 2007. Disparity: Morphological pattern and developmental context. Palaeontology 50, part 1: 57-73. 39. Fürsich, F. T., and D. Jablonski. 1984. Late Triassic Naticid drillholes: carnivorous gastropods gain a major adaptation but fail to radiate. Science 6 (224): 78-80. 40. Kozak KH, Weisrock DW, Larson A. 2006. Rapid lineage accumulation in a non-adaptive radiation: phylogenetic analysis of diversification rates in eastern North American woodland salamanders (Plethodontidae : Plethodon). Proceedings of the Royal Society B—Biological Sciences 273 (1586): 539-546. 41. Hodges, S. A. y M. L. Arnold. 1997. Spurring plant diversification: are floral nectar spurs a key innovation? Proceedings of the Royal Society of London B 262: 343-348. Clase 23-24. 29 y 30 octubre Especiación: ideas basadas en la teoría macroevolutiva y la genética de poblaciones. 42.
Carson, H. y A. R. Templeton.
1984. Genetic Revolutions in Relation
to Speciation Phenomena: The Founding of New Populations. Annual Review
of Ecology and Systematics 15: 97-131.
43. Gavrilets, S. 2003. Perspective: Models of Speciation: What Have We Learned in 40 Years? Evolution 57: 2197-2215. 44. Schluter, D. 2000. Ecological causes of adaptive radiation. Oxford University Press, Cambridge. Capítulo 9, sección 9-3 (las otras secciones son opcionales). 45. West-Eberhard, M. J. 1986. Alternative Adaptations, Speciation, and Phylogeny (A Review). PNAS 83, No. 5: 1388-1392. Clase 25. 5 noviembre: Ontogenia y evolución post-Síntesis: ¿Dónde has estado toda mi vida? 46. DeBeer, G. R. 1958. Embryos
and ancestors. Clarendon Press, Oxford., pp. 14-21; 29-33.
47. West-Eberhard, M. J. 2003. Developmental plasticity and evolution. Oxford University Press, Oxford. Pp. 159-167. 48. McNamara, K.J. y M. L. McKinney. 2005. Heterochrony, disparity, and macroevolution. Paleobiology 31(2): 17-26 Suppl. S. Clase 26: 6 noviembre: Adaptación organísmica (discusión en clase) UNIDAD V. CONCLUSION ¿HACIA DONDE VA
LA TEORIA MACROEVOLUTIVA?
Clase 27. 15 noviembre: Entre revoluciones: la ciencia después de la “revolución probabilística” y ante la “barrera de la complejidad” 49. Depew. D. J. y B. H. Weber.
1997. Darwinism evolving: systems
dynamics and the genealogy of natural selection. MIT Press, Cambridge.
Pp. 429-457.
Opcional: Stewart, I. 2003. Self-Organization in Evolution: A Mathematical Perspective. Philosophical Transactions: Mathematical, Physical and Engineering Sciences, Vol. 361, No. 1807, Self-Organization: The Quest for the Origin and Evolution of Structure, pp. 1101-1123. Clase 28. 20 noviembre: Evo-Devo del futuro. 50.
Jenner, R. A. 2006.
Unburdening evo-devo: ancestral attractions,
model organisms, and basal baloney. Development genes and evolution 216
(7-8): 385-394.
51. Robert, J. S., B. K. Hall y W. M. Olson. 2001. Bridging the gap between developmental systems theory and evolutionary developmental biology. Bioessays 23 (10): 954-962. Clase 29. 22 noviembre: Patrones macroevolutivos y procesos locales. 52. Bak, P., and S.
Boettcher.
1997. Self-organized criticality and
punctuated equilibria. Physica D 107: 143-150.
53. Diniz-Filho, J. A. 2004. Macroecology and the hierarchical expansion of evolutionary theory. Global ecology and biogeography 13 (1): 1-5. 54. Thierry, B. 2005. Integrating proximate and ultimate causation: Just one more go! Current Science 89 (7): 1180-1183. Clase 30. 27 noviembre: ¿Un Neo-Neodarwinismo?: O a lo mejor no existen diferencias cualitativas entre macro- y micro-evolución… 55.
Simons, A. M. 2002. The
continuity of microevolution and
macroevolution. Journal of Evolutionary Biology 15 (5): 688-701.
56. Kemp. T. S. 2007. The origin of higher taxa: macroevolutionary processes, and the case of the mammals. Acta Zoologica 88 (1): 3-22. 57. Pigliucci, M., y C. J. Murren. 2003. Genetic assimilation and a possible evolutionary paradox: Can macroevolution sometimes be so fast as to pass us by? Evolution 57 (7): 1455-1464. Clase 31. 29 noviembre: Trabajo sobre el borrador final del escrito semestral y preparación para el examen. Clase 32. 7 diciembre: Examen Final; entrega del escrito semestral. descarga aquí el examen final |
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